Lịch sử của truyền thuyết Hùng Vương và tín ngưỡng thờ Quốc tổ cũng có những điểm cần chú ý. Thư tịch sớm nhất có nhắc tới Hùng Vương là Việt Điện u linh của Lý Tế Xuyên, nhưng chỉ được nhắc đến thoáng qua trong chuyện thần Tản Viên (thần núi) cầu hôn Mỵ Nương. Ngay trong danh sách phong thần lần đầu tiên của nhà Trần (năm Trùng Hưng thứ nhất 1285) có cả Tản Viên. Hai Bà Trưng, Phùng Hưng, Triệu Quang Phục, thậm chí có cả Sĩ Nhiếp, nhưng không có Hùng Vương. Có thể nói, cho đến thế kỷ thứ XIII, truyện tích về Hùng Vương (chứ chưa nói gì đến các lễ nghi thờ cúng) chưa phát triển trên đất Đại Việt, hay nói cách khác, nếu có, chỉ mới lưu truyền tản mạn trong dân gian.
Mãi đến nửa cuối thế kỷ XIV, có lẽ do yêu cầu đặt ra của xã hội đương thời, các nhà nho mới bắt đầu quan tâm đến việc đưa nhân vật này chứng minh, biện giải cho vấn đề quốc tổ. Sách Việt sử lược đưa ra bằng chứng dân tộc học khẳng định cuối thế kỷ IX trước công nguyên, Hùng Vương chỉ là một pháp sư, tóm tắt cả thần quyền và thế quyền, đến Lĩnh Nam chích quái, Hùng Vương đã được mang một khuôn mặt mới theo tuyến chuyển từ tổ tiên – Tô tem giáo đến quan niệm tổ tiên gần gũi hơn. Đó là trục từ nhân vật Lạc Long Quân – Âu Cơ chia con đến tám đời vua Hùng và Thục An Dương Vương với việc xây thành cổ Loa giữ nước. Năm 1470, vua Lê Thánh Tông cho lập ngọc phả Hùng Vương – vị Thánh Vương ngàn đời của cổ Việt. Tiếp đó, Đại Việt sử ký Toàn thư của Ngô Sỹ Liên đã đưa truyện quốc tổ Hùng Vương và chính sử trong mục truyện họ Hồng Bàng, phần Ngoại Kỷ.
Do đó, tín ngưỡng thờ vua Hùng phải xuất hiện muộn hơn, hoặc việc thờ Hùng Vương đã có ở một số làng quê nhưng chỉ được “chính thống hóa” ở giai đoạn Lê – Nguyễn về sau.
Ban Nghiên cứu Tôn giáo