Mẫu và các vị Thánh Tứ phủ được thờ cúng ở đền, phủ, miếu, điện và cả trong chùa, tuy nhiên thờ Mẫu ở đền, phủ vẫn phổ biến hơn cả. Ở Bắc Bộ, có hai phủ chính thờ Mẫu Liễu, đó là Phủ Dầy và Phủ Tây Hồ (Hà Nội), có khi người ta còn kể thêm cả Phủ Sòng Sơn (Thanh Hóa), tuy nhiên cũng có khi người ta coi Sòng Sơn cũng chỉ là đền (Đền Sòng thiêng nhất xứ Thanh). Bởi thế, trong quan niệm dân gian, Phủ là nơi trung tâm, nơi thờ chính Thánh Mẫu Liễu Hạnh, vị Thánh đức thờ phụng cao nhất và nhiều nhất trong tín ngưỡng thờ Mẫu Tứ phủ.
Tại Huế, nơi thờ Mẫu Thiên Ya Na và Mẫu Liễu thì lại gọi là Điện, Điện Hòn Chén (hay Huệ Nam Điện), Tiên Cảnh Điện, Đập Đá Điện… chỉ nơi trụ sở của Thiên Tiên Thánh giáo mới gọi là Thánh Đường. Như vậy, Điện tại Huế cũng giống như đền, phủ ở Bắc Bộ. Nam Bộ thì nơi thờ Mẫu được gọi là Miếu, Diện và thậm chí cả Chùa nữa, ví dụ chùa Hang tại Bà Đen (Tây Ninh) hay Chùa Bà (Chợ Lớn, Tp.Hồ Chí Minh)…

Kiến trúc của di tích Phủ Dầy Nam Định
Có một điều dễ nhận thấy nhất là tuy tục thờ Mẫu ở nước ta có từ rất lâu đời, là tín ngưỡng có nguồn gốc khá nguyên thủy nhưng cấu trúc các đền, phủ kể trên thì đều có niên đại muộn, khoảng cuối thế kỷ XIX đầu thế kỷ XX. Tiêu biểu nhất là kiến trúc Phủ Dầy thì lần trùng tu cuối cùng để có diện mạo kiến trúc như ngày nay là vào năm Duy Tân 1914, đặc biệt là Lăng Mẫu, một kiến trúc có giá trị thì cũng xây từ năm 1938 do vua Bảo Đại cúng tin. Tất nhiên, các kiến trúc Phủ Dầy có trước, mà các bia lý để lại cho ta niên đại những năm xây dựng và trùng tu, như xây đầu tiên vào thời Cảnh Trị 1663-1671 rồi thời Tự Đức lại trùng tu (1866).
Di tích Điện Hòn Chén ở Huế thì vốn xưa chỉ là ngôi miếu thờ Sơn Thần núi Ngọc Trản xây từ thế kỷ XVII, sau nhiều lần trùng tu, nhưng diện mạo kiến trúc như hiện nay thì chỉ vào thế kỷ XIX đời vua Đồng Khánh, sua khi nhà vua đi cầu và được linh ứng. Lần này là vào năm 1886-1887 và đổi tên thành Huệ Nam. Còn Phủ Tây Hồ thì mãi tới năm 1943 vẫn chỉ là Điện Mẫu trong chùa. Sau đó là các lần xây dựng vào năm 1947, 1952 và sau này phủ mới được xây dựng như ngày nay. Tình trạng các ngôi đền, miếu, điện thờ Mẫu ở miền Nam thì mãi tới cuối thế kỷ trước còn khá đơn sơ, nó chỉ được trùng tu khang trang hơn vào những thập kỷ giữa thế kỷ này, thậm chí vào những thập kỷ gần đây.

Điện Hòn Chén là một di tích thuộc quần thể kiến trúc cố đô Huế
Có thể giải thích hiện tượng này từ nhiều căn nguyên khác nhau. Trước nhất, tuy là tín ngưỡng dân gian có nguồn cội xa xưa, nhưng suốt thời kỳ chế độ phong kiến với tư tưởng Nho giáo độc tôn, thì thờ Mẫu coi là thứ thờ cúng nhảm nhí, bị cấm đoán, nhà nước không thừa nhận. Bởi vậy, tuy không bao giờ mất đi, nhưng nó vẫn nương mình nơi thờ cúng dân dã ở các làng xã, đó là các ngôi miếu, ngôi đền nhỏ hay nương mình với tư cách là một bàn thờ, một điện thờ Mẫu trong chùa. Thời Trịnh -Nguyễn, với phái Nội đạo, triều đình đã xung khắc quyết liệt với tín ngưỡng thờ Mẫu và dùng phái Nội đạo để chống lại, mà truyền thuyết về trận “Sòng Sơn đại chiến” đã phản ánh khá đầy đủ thái độ của nhà nước phong kiến với tín ngưỡng này.
Chỉ từ thế kỷ XIX, xã hội phong kiến đi vào con đường suy vong, thực dân Pháp xâm lược nước ta, gây ra bao đau khổ và loạn lạc, Đạo Thiên chúa theo gót chân xâm lược nước ta và truyền bá mạnh đông đảo tầng lớp nhân dân. Trong bối cảnh đó, tín ngưỡng dân gian, trong đó có tín ngưỡng thờ Mẫu mang truyền thống dân tộc lâu đời, đã trỗi dậy như là một phản ứng, một đối trong trước sự thâm nhập văn hóa ngoại lai. Đặc biệt, trong thời điểm ấy, vua Đồng Khánh và sau này là Bảo Đại đã thừa nhận tín ngưỡng thờ Mẫu, coi mình như là đệ tử, do vậy đã nâng uy tín và tự đứng ra tu tạo các đền thờ Mẫu, làm cho tín ngưỡng này vốn chỉ nương mình sua lũy tre xanh làng quê, thành một thứ đạo sánh cùng các tôn giáo khác. Ở miền Bắc 1954 và ở miền Nam trươc năm 1975, tín ngưỡng thờ Mẫu có xu hướng tập hợp và hợp nhất thành giáo hội thống nhất từng vùng và cả nước. Và cũng từ sau Đồng Khánh, Tổng đốc Nam Định Cao Xuân Dục đã đứng ra trùng tu Phủ Dầy, rồi trong các kỳ lễ tiết “Tháng tám giỗ Cha, tháng ba giỗ Mẹ” đều có đại diện chính quyền đến các Đền, Phủ trung tâm làm chủ tế.
Hiện nay, Phủ Dầy là nơi trung tâm thờ Mẫu cũng như các đền phủ thờ Mẫu hay liên quan tới thờ Mẫu ở các địa phương trong cả nước đều đã được nhà nước xếp hạng công nhận là di tích lịch sử - văn hóa có giá trị cần phải được bảo vệ. Như Đồng Bằng (Thái Bình), Kiếp Bạc (Hải Hưng), Tây Hồ (Hà Nội), Hòn Chén (Huế), Tháp Bà (Nha Trang), Điện Bà Chúa Xứ (An Giang)… Đó đều là những kiến trúc mang nhiều nét đặc sắc của kiến trúc nhà Nguyễn giai đoạn cuối.

Miếu Bà Chúa Xứ (An Giang) được thiết kế theo hình chữ “Quốc” trong chữ Hán với ngôi chính được kiến trúc hình khối tháp dạng “hoa sen nở” có mái tam cấp ba tầng lầu, lợp ngói đại ống màu xanh.
Trong các đền, điện không chỉ có thờ Mẫu mà còn thờ nhiều vị thần khác, do vậy, bản thân kiến trúc đền thờ Mẫu không mang những nét hoàn toàn riêng biệt giống như ngôi đình thờ Thành Hoàng làng. Có nét riêng, chăng là ở môi trường kiến trúc và bố trí mặt bằng kiến trúc của đền phủ.
Bất cứ kiến trúc Việt Nam nào, đặc biệt là kiến trúc tôn giáo đều phải dựa trên một địa thế “sơn thủy”, gắn liền kiến trúc với môi trường thiên nhiên, địa chất thiên nhiên vào trong kiến trúc. Phủ thờ Mẫu lại thể hiện cái “chất thiên nhiên” này một cách riêng. Mẫu Tứ phủ là đồng nhất với vũ trụ, thiên nhiên, con người, đất nước, nên cái chất thiên nhiên ấy không chỉ là hài hòa giữa kiến trúc và tự nhiên mà còn là bản chất của sự thờ phụng đó. Bởi vậy, các đền, phủ đều phải đặt ở những địa thế gợi tạo “chất tự nhiên” ấy. Kiến trúc Phủ Dầy, Tây Hồ, Hòn Chén bản thân nó đã nói lên tư tưởng đó.
Vậy mà trong cái môi trường đầy chất tự nhiên có phần hoang sơ huyền bí ấy, lại là một thế giới thần linh đầy chất thế tục, con người với những tượng tranh, đồ lễ, trang trí đẹp, rực rỡ, không một chút đe dọa, mà đầy gợi cảm. Người ta đến đây để mà cầu xin tài lộc, sức khỏe của đời sống hiện tại. Phải chăng đó là sự đối lập, tương phản tạo nên một nét riêng của kiến trúc đền, phủ thờ Mẫu.
Kiến trúc Đền, Phủ thờ Mẫu thường được xây dựng dưới dạng quần thể, chứ ít khi là một công trình đơn chiếc. Có thể dẫn ra Phủ Dầy với quần thể gồm 21 di tích nằm rải rác trên diện tích mỗi chiều hơn 1 km. Cũng có thể nói tới Điện Hòn Chén, 1 quần thể gồm 12 di tích thờ cúng nằm trên diện tích không lớn, nằm kẹp dưới chân núi Ngọc Trản và mép nước Hương Giang. Ngôi đền thờ Mẫu Thượng Ngàn ở Bắc Lệ (Lạng Sơn) cũng bao gồm đền chính và hai đền khác là Đền Chầu Bé, Đền Kẻng cách xa nhau từ 500 -1000m. Còn Phủ Tây Hồ thì ngoài Phủ chính, còn có Phủ Sơn Trang, đền thờ Cô và đền thờ Cậu nằm độc lập trong quần thể… Đây cũng là một giải pháp kiến trúc thể hiện tư tưởng hòa nhập giữa nơi thờ cúng với khung cảnh thiên nhiên.
Ban Nghiên cứu VHTN phía Nam